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Je vais effectuer une analyse différentielle de l'expression génique en RNA-Seq avec edger ou deseq
Analyste en bioinformatique et rédacteur scientifique pour RNA Seq et données NGS
Je suis étudiant en MS Bioinformatique à NUST avec une licence en optométrie. J'ai une expérience pratique
dans l'analyse de données de séquençage de nouvelle génération (NGS). Mes compétences inclue...
À propos de ce service
Vous recherchez une analyse professionnelle de l'expression génique différentielle en RNA-Seq ?
Je réaliserai une analyse complète de DGE sur vos données de matrice de comptage en utilisant edgeR ou DESeq2 dans R.
Ce que vous recevrez :
- Contrôle de qualité (graphique PCA et heatmap)
- Détection et suppression des valeurs aberrantes
- Normalisation TMM
- Analyse de l'expression différentielle
- Graphique volcano avec les gènes significatifs mis en évidence
- Fichier CSV complet des résultats
- Résumé des gènes régulés à la hausse et à la baisse
J'ai une expérience pratique dans l'analyse de grands ensembles de données RNA-Seq avec des centaines d'échantillons en utilisant les pipelines edgeR et DESeq2 dans R.
Veuillez m'envoyer un message avant de commander pour discuter de vos données et de vos besoins !
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FAQ
Traduction automatique
Dans quel format doivent être mes données ?
J'ai besoin d'une matrice de comptage brute au format .txt ou .csv et d'un fichier de métadonnées avec les informations sur le groupe d'échantillons.
Quel outil utilisez-vous edger ou DESeq2 ?
Je peux utiliser soit edger soit DESeq2 selon votre préférence. Les deux donnent des résultats fiables pour l'analyse DGE en RNA-Seq.
Que vais-je recevoir après l’analyse ?
Vous recevrez des figures en haute résolution incluant graphique PCA, heatmap et graphique volcano, un fichier CSV avec ntous les résultats, et un résumé des gènes différentiellement exprimés.
