Je vais créer un carnet de dynamique moléculaire professionnel pour ligand de protéines

Vous cherchez un carnet de dynamique moléculaire (MD) scientifiquement rigoureux pour accélérer vos recherches ? Je propose des carnets de MD pour protéines-ligands prêts à l’emploi, construits avec des méthodes standard de l’industrie, couvrant toute la chaîne depuis les fichiers bruts jusqu’à l’analyse prête à publier.

Ce qui est inclus :

• Système solvatisé : Eau explicite TIP3P avec 0,15 M NaCl.
• Équilibrage : Minimisation d’énergie, protocoles NVT et NPT pour un début stable.
• Trajectoire de production : Format DCD compatible avec VMD, OVITO et PyMOL.
• Analyse complète : Une figure à six panneaux (RMSD, RMSF, Rg, etc.) et des journaux d’énergie complets.
• Reproductibilité : Tous les paramètres enregistrés dans un fichier de configuration avec les structures PDB finales.

Normes scientifiques :

• Champs de force : AMBER ff14SB (Protéine) & OpenFF Sage (Ligand).
• Charges : Méthode QM AM1-BCC.
• Dynamique : Particle Mesh Ewald (PME) et intégrateur Langevin Middle (pas de 2 fs).

Chaque carnet est citables et inclut toutes les références bibliographiques. Contactez-moi avec votre ID PDB de la protéine et SMILES/SDF du ligand avant de commander pour confirmer la compatibilité et les délais de livraison. Optimisez votre flux de travail avec un outil professionnel conçu pour l’excellence en revue par les pairs.