J'analyserai les résultats de knockout virtuel de gènes avec sctenifoldknk

J’analyse les sorties existantes de scTenifoldKnk et j’organise les résultats de knockout virtuel autour de votre gène cible et du type cellulaire choisi.

Le package Basic couvre un seul gène cible et un seul type cellulaire en utilisant vos fichiers de réponse ou de réseau existants. Je vérifie les identifiants, je résume les résultats de la régulation différentielle et je crée des graphiques clairs et des tableaux modifiables. Des comparaisons entre les différents jeux de données fournis peuvent être incluses avec l’accord préalable à la commande.

Vous recevez des tableaux de résultats, des figures, le script d’analyse et un README enregistrant les entrées et les paramètres. Une révision est incluse pour l’analyse convenue.

Veuillez envoyer votre gène cible, les étiquettes de type cellulaire, les fichiers de sortie existants et la question à laquelle vous souhaitez répondre. Pour l’enrichissement, fournissez les gènes testés et la liste des gènes de référence.

Si vous ne disposez que d’un accès GEO ou d’un objet Seurat, contactez-moi d’abord : la construction du réseau et le traitement des données brutes nécessitent une portée distincte. J’utilise une codification assistée par IA lorsque cela est approprié et je vérifie le code et les sorties. L’échange écrit est bienvenu.