Je vais analyser des données de séquençage génomique avec des outils de bioinformatique

Veuillez me contacter avant de passer commande afin que nous puissions confirmer la portée du projet, les options de transfert de données et les attentes de livraison.

Je propose l’analyse de données génomiques de WGS chez les procaryotes adaptée à vos besoins de recherche.

Avec une expertise en génomique et bioinformatique, je conçois et exécute des pipelines personnalisés pour fournir des résultats précis et prêts à être publiés.

Services que je propose

• Contrôle de qualité et prétraitement des fichiers FASTQ
• Alignement des lectures sur des génomes de référence (WGS)
• Assemblage de novo pour les projets sans génome de référence approprié
• Appel de variants et annotation (SNPs, indels)
• Classification métagénomique et profilage microbien
• Génomique comparative et génération de rapports personnalisés

️ Outils et expertise

• Interface en ligne de commande (CLI) pour l’exécution interactive et le dépannage des workflows de bioinformatique
• Scripting Bash pour l’automatisation, les pipelines reproductibles et le traitement à haut débit
• Environnements HPC pour une analyse efficace à grande échelle : AWS
• Outils de bioinformatique : BWA, SAMtools, BCFtools, FastQC, Roary, Prokka, RAxML
• Bases de données de référence : NCBI, GenBank, CARD, VFDB

Ce que vous fournissez :

• Données de séquençage brutes (fichiers FASTQ, compressés si volumineux)
• Génome de référence